Curiosamente, a estas alturas, se ha ha producido un cambio de última hora en el reparto, pues Johnny Knoxville y Tony Shalhoub prestarán sus voces a Leonardo y a Splinter, respectivamente. Inicialmente contaban con las voces de Pete Ploszek y Danny Woodburn, pero su contrato solo les aseguraba su actuación física, pudiendo Paramount Pictures contratar otros actores para el doblaje.
Suponemos que se trata de una estrategia del estudio para intentar tener un nuevo reclamo de cara a los fans de ambos, sobre todo de Knoxville que tiene bastantes seguidores, y por eso también han realizado cambios en la historia y el aspecto de las tortugas.
La ciudad necesita héroes. La oscuridad ha caído sobre la ciudad de Nueva York con Shredder y su malvado Clan que tienen un férreo control sobre todo, desde la policía a los políticos. El futuro es sombrío hasta que cuatro marginados hermanos surgen de las alcantarillas y descubren su destino como Teenage mutant ninja turtles (Tortugas ninja mutantes adolescentes). Las tortugas deben trabajar con la intrépida reportera April y su bromista cámara Vernon Fenwick para salvar la ciudad y desentrañar el diabólico plan de Shredder.